Ele foi criado para auxiliar a realização da 12a Conferencia Nacional de Saúde, no ano de 2003, com a garantia e a confiabilidade da manutenção dos dados ao longo dos anos. Tem como objetivo facilitar não apenas a etapa da relatoria, como também toda a parte de consolidação das propostas trabalhadas desde o município até a realização da etapa nacional. Além disso, o sistema também auxilia no processo de cadastro e controle de vagas dos delegados. O Sisconferência possibilita a classificação, consolidação e ordenação das propostas debatidas, o que contribui para a organização do processo de relatoria nas diferentes etapas. Toda informação inserida no sistema é monitorada e a responsabilidade pelos dados inseridos é exclusiva do usuário que recebe a senha para operar o sistema.Ao longo dos últimos anos, o sistema passou a ser utilizado como referência em congressos e conferências de órgãos do Governo Federal. Em 2013, ele foi utilizado no VIII Congresso Nacional de Psicologia, nas etapas distritais da 5a Conferência Nacional de Saúde Indígena e no Congresso Interno da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Atualmente, o Sisconferência está mudando a interface, a funcionalidade e programação, acompanhando os novos modelos de conferências para, assim, estar à frente do processo de realização da 15a Conferência Nacional de Saúde.