Este trabalho tem por objetivo apresentar os desafios encontrados pelo município de Abaré para garantir o monitoramento e avaliação das ações de vacinação realizadas pela EMSI (Equipe Multiprofissional de Saúde Indígena) nos povos indígenas. O ImunizaSUS pode contribuir para a implantação do sistema de informação para os povos indígenas integrado com o município para o registro de vacinas, para que tanto as equipes de Atenção Primária à Saúde, quanto as equipes de saúde indígena utilizem o mesmo sistema e tenham um banco de dados atualizados em tempo real. Devido à falta de registro das doses de vacinas aplicadas nos sistemas SI-PNI (Programa Nacional de Imunização) e PEC (Prontuário Eletrônico do Cidadão) da Unidade EMSI, o município fica impossibilitado de avaliar e monitorar a vacinação dos povos indígenas, assim como, de realizar busca ativa de faltosos e implementar ações que garantam o esquema do calendário indígena vacinal atualizado. Como estratégia de fortalecimento das ações de imunização o município implantou um fluxograma de monitoramento de vacinas nas sete ESF, com o objetivo de garantir a imunização de todos os imunobiológicos disponibilizados pelo PNI. Justificamos que o fluxograma não foi implantando na EMSI, devido à falta de utilização dos sistemas SI-PNI E PEC. A Política Nacional de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas integra a Política Nacional de Saúde, compatibilizando as determinações das Leis Orgânicas da Saúde com as da Constituição Federal, que reconhecem aos povos indígenas suas especificidades étnicas e culturais e seus direitos territoriais. O Programa Nacional de Imunização (PNI) criado em 1973, é considerado um dos mais importantes para a saúde pública no Brasil. Sousa et al., (2011). O Ministério da Saúde instituiu o Sistema de Informação em Saúde para Atenção básica (SISAB) através da portaria nº 1.412, de 10 de julho de 2013. O PEC da estratégia e-SUS APS é uma solução que informatiza as informações clínicas e administrativas dos pacientes da Atenção Primária à Saúde de todo o Brasil. A vacinação caracteriza-se por uma ação de grande eficácia na prevenção de doenças imunopreveníveis sendo uma das principais ações de promoção da saúde inserida no contexto da atenção básica, que caracteriza-se por um conjunto de ações de saúde, no âmbito individual e coletivo, que envolve a promoção, a proteção, a prevenção, o diagnóstico, o tratamento e a reabilitação da saúde (MINISTÉRIO DA SAÚDE, 2014). Portanto, para garantir o monitoramento da vacinação na população indígena, seguindo esquema preconizado pelo Ministério da Saúde, é necessário a implantação do sistema de vacinação dos povos indígenas integrado com o município.