No âmbito da Secretaria Municipal de Saúde de Manaus, antes de 2008, o intercambio do serviço público de saúde com a Universidade não era gerida por nenhum setor específico e projetos de pesquisas eram executados sem análise da possibilidade, da importância ou com acompanhamento do desenvolvimento das ações. Essa questão trazia insegurança no conhecimento sobre o quantitativo de pesquisadores que adentravam à Semsa e como se dava a interação deste com os usuários e trabalhadores da saúde.A cidade de Manaus atualmente possui 11 (onze) Comitês de Ética em Pesquisa (CEP) validados pela Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP) que segundo a Resolução CNS nº 196 de 10 de outubro de 1996, são colegiados interdisciplinares e independentes, com munus público, de caráter consultivo, deliberativo e educativo, criados para defender os interesses dos sujeitos da pesquisa em sua integridade e dignidade e para contribuir no desenvolvimento da pesquisa dentro de padrões éticos. Estes colegiados podem receber projetos de qualquer indivíduo com interesse em pesquisa que, individual ou coletivamente, envolva o ser humano, de forma direta ou indireta, em sua totalidade ou partes dele, incluindo o manejo de informações ou materiais.Contudo, o Sistema Único de Saúde em sua integralidade possui contexto e experiência também únicos onde os profissionais relacionados obterão maturidade em conhecer uma realidade específica e que se torna diariamente um objeto de pesquisa. Esse conhecimento pode ter grande utilidade na formação dos estudantes da área de saúde e outras afins, assim, a parceria da Semsa com a Universidade é uma vantagem na exposição da ciência que pode ser realizada dentro do SUS local.A implantação da Comissão de Ética em Pesquisa a partir de fevereiro de 2008 deu início a um processo de reflexão sobre a qualidade e a abordagem ética dos projetos de pesquisa que almejam trabalhar com os Estabelecimentos de Atenção à Saúde (EAS). Esta ação possibilitará para futuramente a Semsa Manaus possua um Comitê de Ética em Pesquisa como já ocorre em grandes capitais como São Paulo e Porto Alegre.Em 2008, uma articulação da então Divisão de Desenvolvimento de Recursos Humanos (DDRH, hoje GESAU) para definição da representação dos projetos científicos dentro da Secretaria instaurou um grupo para definir pessoas e setores que recebessem alunos ou pesquisadores com intuito de obter dados ou aplicar questionários e/ou entrevistas com usuários ou trabalhadores do SUS. Nesse mesmo ano, a Portaria 069/2008 – GABIN/SEMSA definiu e convocou setores da Administração, Atenção Básica e Vigilância a integrarem uma Comissão de Ética em Pesquisa (COEP) com os objetivos de salvaguardar os direitos e a dignidade dos sujeitos da pesquisa
Regular o intercâmbio do serviço público de saúde com a Universidade, quanto à execução de projetos de pesquisas.
A cidade de Manaus e o sistema local de saúde podem ser representados quanto à COEP para receber, orientar e acompanhar projetos de pesquisa dentro deste cenário, mas o âmbito de projetos como o do recente programa QualiSUS, deverá ultrapassar os limites municipais e adentrar outras cidades com justificativas sociais, demográficas e principalmente epidemiológicas para receberam investigações que poderão conter questões ética e metodológicas a serem devidamente analisadas quanto às suas propostas de influência da situação do local e dos sujeitos de pesquisa. Assim, a Secretaria de Saúde do Estado do Amazonas já poderia vislumbrar uma ação que apóie projetos dentro, não somente de Manaus, mas com visão de todo o estado e seus 62 municípios.
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